电影叙述，未来世界因为核战污染，导致人类出现了基因突变的变种人。同时地球也因为污染过度，造成许多怪兽横行肆虐。于是保卫地球免于怪兽蹂躏的办法，就是让变种人组成的地球防卫军，出马对抗怪兽。然后在一个风和日丽的日子，天空出现了巨大的不明飞行物体，原来是「X星人」。他们带来征服怪物的法宝，却把人类逐一洗脑。唯一不被他们洗脑的就只有主角一行和「哥斯拉」，变成地球人联手怪物大战外星人。这部《最后的战争》出炉之际也是怪兽哥斯拉系列影片诞生50周年的日子。第一部怪兽哥斯拉影片于1954年在日本上映，在《最后的战争》这部影片中，哥斯拉与整个世界的那些旧敌斗争。场景包括悉尼 新几内亚 等著名城市影片，还创造了一个新怪兽X，在最后变成了凯撒基多拉。制片方表示，《最后的战争》是由演员穿着橡皮衣服扮演的最后一部哥斯拉影片。但导演北村龙平说：“影迷们不会相信这个消息的。哥斯拉已经上映了50年，不过影迷们都认为哥斯拉仅仅是需要度假休息一下罢了。他们不认为这个系列影片会现在就划上句号。”
