版本1 与完成千年积木时唤醒的另一人格“暗游戏”的最后决斗结束后，游戏他们看似已经重返日常生活。 然而，这时却出现神秘少年·蓝神，以及全世界接连发生的神秘失踪事件。那个期间，海马公司社长兼最强决斗者海马则一心寻找千年积木。 当几块拼图全部拼合之时，决斗的序幕被再一次揭开。 版本2 武藤游戏完成千年积木，因而唤醒“暗游戏”这另一人格。 尽管与身为海马公司社长并君临决斗者顶点的海马濑人及许多同伴展开过多场死斗，但在过去因缘导致不得不跟另一个自己战斗时，游戏和暗游戏终于要诀别并踏上各自道路的旅程—— 然后，跟暗游戏的最后决斗结束，游戏他们看似已经重返日常。 那时面前出现神秘少年“蓝神”。同时，全世界不断发生神秘失踪事件。海马则一心只顾寻找千年积木。 几块拼图全部拼合之时，决斗的序幕又再次揭开了！
