故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……《苍穹之法芙娜EXODUS》作为《苍穹之法芙娜》系列的续篇，故事设定在西历2151年，即剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后。前作的主角真壁一骑、皆城总士、远见真矢也将会继续在续篇中登场，并且还诞生了第二代乙姬，她的名字是皆城织姬。2004年7月播出的全26话TV动画《苍穹之法芙娜》虽然早在2011年7月就宣布续篇《苍穹之法芙娜EXODUS》的制作企划，但在2013年年底才传出续篇的进一步消息。在2014年3月23日举办的“Anime Japan 2014”的现场，电视动画《苍穹之法芙娜EXODUS》确定会在2015年1月开始播送。