超级机器人大战OG第二季故事发生在L5战役完结半年后。世界上各种势力及DC残党都在暗中活跃，要从L5战役中恢复过来还需要很长时间。这时，大总统公开了外星人的存在，及它们对人的威胁，但是他们并没有注意到真正敌人的存在……