曾经盛极一时的日本忍者，在战后被GHQ强迫解散组织而消失。然而，事实上，忍者至今依旧暗中存在，人数据说多达20万人。而且一部分精锐忍者在国家级的对抗中负责执行秘密任务，相当活跃。另一方面，下级忍者却是经常拿不到工作，其中之一的云隐九郎也一样，过着宛如尼特族般的生活……但是，这样的九郎终于有了重大的“忍务”！