梦幻西游第三季动画全集和过去以蚩尤为主角不同，在第三季中，似乎《梦幻西游2》著名BOSS雷怒成为了本季主角。它的突然现身让三界重新陷入了动荡不安之中，而神木林当家巫奎虎对此似乎早有预言。“龙出惊日月，怒目震雷霆。千古恩怨尽，一夕起风云！”上古龙神雷怒为报蚩尤恩德前往神木林，欲拔出加固武神坛封印的神木，助其提前破封。剑侠客等十五位天命之人为阻雷怒，上天铸法宝，下地觅阵法，最终与雷怒在神木林展开惊天一战……蚩尤能否提前破封、隐藏于神木林的神秘人究竟是谁？乾坤九曜图的真相到底如何？匿迹千年的女娲神殿又在何方……所有的答案就在此篇雷怒危机之中。