故事的舞台是新兴都市，神滨市。 “和我一起战斗吧？” 少女们的邂逅，编织出新的故事（纪录）。 被奇妙的力量所引导，魔法少女们聚集到这座城市。 这里是魔法少女们能够保持魔法少女之姿的地方。 她们从魔女身上取得新的力量，并不断战斗着。 “有什么事情发生了……在这座城市……” 环彩羽，追着失去踪影的妹妹·忧，来到了这座城市。 彩羽开始和魔法少女们一起寻找忧的踪迹。 之后，见泷原市的魔法少女·晓美焰， 也到达了这座神滨市。 “若能解开这座城市的谜团， 说不定就能拯救鹿目同学了……”。 两座城市的魔法少女互相交错， 诞生了另一个希望。