魔法少女奈叶故事的主人翁是平凡的小学三年级学生高町奈叶，和经营咖啡馆的父母，以及身为学生的哥哥和姐姐，还有关係良好的朋友们，一起过著非常普通的日常生活，却在奇妙的际遇下和“异世界的少年”相逢。从此生活都改变了，如此的相遇让奈叶得到魔法的力量，她开始帮助异世界少年寻找散落在世界上的异世界的遗产“宝石之源”，并必须将其回收。在可以自由变身成小动物和人类的异世界少年的帮助下，奈叶凭自己的资质和意志将魔法之杖具现化。凭藉两种力量，来实现紧握在手中的人们的梦想，然而，为了防止伴随而来的种种危险，所以必须要回收宝石之源，并在无人知晓的情况下守护周围的和平。奈叶和异世界少年的柔和友情及羈绊。