一直以来过着普通日常生活的主人公樱羽一时，某天因遭到甲贺忍者的袭击，得知了自己身为伊贺忍者第19代正统继承人的真实身份，被卷入伊贺与甲贺长久以来对立的忍者世界中。为了生存，一时认为自己也必须成为忍者来保护自己，他下定决心进入忍术学园学习，直面残酷的命运。