《闪电十一人GO》舞台设置在日本代表队INAZUMA JAPAN获得世界第一，即《闪电十一人3》10年后的雷门。「足球」已经腐败了，现在已经失去了那时候对足球的热情了......被「阴谋」所牵连进来的少年们现在，雷门将会发生什么事情！日本代表「INAZUMA JAPAN」取得少年足球世界第一的10年后。人气逐渐提高的足球，一个学校的足球是否强盛，甚至会影响该学校在社会的地位。因此，为了保证所有学校的地位，必须遵从足球管理组织「第五部门」那里下达的胜负指示。主人公·雷门中学足球部的新部员松风天马。为了取回最喜欢的足球，少年们的革命要开始了......然后，10年后的FOOTBALL FRONTIER少年足球大会……