一个现在还存在着忍者的世界中，现代忍者的雇主，是政治家、大企业的干部们。持有强大权力的人当中，有著一些将忍者当作满足自己欲望的道具的人存在。为了对抗这些在黑暗中的“恶忍”，政府开始执行了某个计划―“善忍”―也就是养成属於国家的忍者的秘密计划。