圣斗士星矢剧场版3：真红的少年传说讲述的是雅典娜的哥哥，传说中的太阳神亚伯复活，受众神之命在地上世界引发大洪水来达到肃清人类的企图。身为雅典娜的纱织打算阻止亚伯，反被亚伯杀死，灵魂坠入死之国度。为了拯救雅典娜，星矢等人潜入了圣域的禁地“Dignity Hill”，面前却被在十二宫之战中战死的撒加等黄金圣斗士以及从神话时代开始就守护亚伯的“日冕圣斗士（Corona Saint）”所阻挡。面对以往从未遇到过的强敌，星矢等人最大的激战展开！