故事以一连串女高中生离奇死亡的事件开始，深阳学园2年C组的女学生宫下藤花原来隐藏著Boogiepop的第二重人格，行为奇异，究竟宫下是否这些死亡事件的主谋呢？Boogiepop Phantom到底是都市中传说的死神，还是正义的使者？