故事讲述了双亲惨遭杀害自此踏上复仇之旅的少女凛与她的同伴，在身体里埋入血仙虫成为不死之身的男人万次之间所发生的事。故事讲述了日本还处于江户时代的1792年，万次杀死了做恶的贪官上司，并在逃亡途中无意间杀死了前来追捕自己的妹夫。虽然万次想放下屠刀却不断被人追杀，还毁掉了妹妹的一生。由于被八百比丘尼埋进了血仙虫而拥有不死之身的剑士万次，为了解开血仙虫造成的不死之咒语，发誓杀一千个恶人来赎百人斩的罪。遇到身负血仇的孤女凛后，他决定帮助其报仇。一路遭遇凛的仇人「逸刀流」、旨在剿灭逸刀流的幕府密探「无骸流」以及其他种种势力或个人。在无法界定对错的凛的复仇之旅中，万次打败了一个个强悍的对手——也许对他来说，千人斩的实现仅仅是时间的问题。可是，剑客都是双手沾满鲜血的人，谁为善心，谁又为恶人，万次有鉴定的资格和能力吗？杀人，就是一种罪，杀恶人也是杀人，这世上真的有可以借着杀人赎清的罪孽吗？每个人都只是为着自己的理由挥剑而已。对于万次，在过去无可挽回的悔恨中许下了杀千人的悲愿，也许这只不过是继续挥刀活下去的理由，继续杀人的理由……也许，这不算是乱世——没有战国的烽火，没有维新的狂岚，德川幕府正安然的统治着一切，居高临下的睥睨着剑客之间的争斗，一步步的算计着可以驱使的力量。看起来，一切似乎都在某种控制之中。