新干线变形机器人动画全集是由东日本企划、集英社Production以及TAKARA TOMY共同合作进行玩具、杂志连载等多个平台展开的企划。新干线变形机器人动画讲述了这样一个故事：铁道博物馆、京都铁道博物馆、磁悬浮·铁道馆的地下深处潜藏着特务机关“新干线超进化研究所”。该研究所为了从“漆黑的新干线”所诞生的巨大怪物手中守护日本的未来，开发了“新干线变形机器人SHINKALION”，与SHINKALION具有高等契合率的孩子们将成为司机与敌人展开激烈的战斗。