纸箱战机Wars故事时间设定在2055年，手掌大小的小型机器人LBX成为世界最流行的玩具，而“神威大门统合学园”则是一所集结了优秀LBX玩家的谜之学园。濑名新和星原光是刚刚转学到这里的新生，在这里等待他们的是建设在学园地下的巨大竞技场，每逢放学同学们都在这里进行着决斗，当自己的LBX被完全破坏之时，也就是从“神威大门统合学园”退学的时候……