只有神知道的世界第一季讲述的是舞岛学园的桂木桂马是个喜欢恋爱游戏，也就是Galgame的高中生。他有着让Galgame中的二次元女性角色喜欢上他的能力，因此又被称为「攻陷之神」有一天，一位少女从天而降，那位少女的名字叫作艾露希，从遥远的地狱到来，拜托桂马帮忙捕获「驱魂」。而方法就是把心的空隙填上，驱魂没地方躲就会跑出来，而把心的空隙填满的其中一个方法就是「恋爱」。就这样，桂马开始了三次元女性的攻略。