在《最终幻想VII》故事结束的两年后。人们终于认识到了开采魔晃（日语：魔晄，英语：Mako，即电影中的“生命之泉”）作为能源的害处，神罗（日语：神羅，英语：Shinra）公司已不复存在。人们开始寻找新的能源，并重修大都市米德加（日语：ミッドガル，英语：Midgar）。